สายการบินที่ใหญ่ที่สุดในประเทศ Japan Airlines (JL) มีสำนักงานใหญ่อยู่ในโตเกียว มีเที่ยวบินแบบไม่หยุดพักไปยังปลายทางในประเทศทั้งหมด 60 แห่ง และปลายทางระหว่างประเทศอีกกว่า 30 แห่งในเอเชีย, ยุโรป, โอเชียเนีย, อเมริกาเหนือ และอเมริกาใต้ JL เป็นสมาชิกาของพันธมิตรสายการบิน oneworld และมีการจัดเที่ยวบินร่วมกับสายการบินอื่นๆ อีก 30 แห่ง สายการบินนี้มีชั้นบินให้บริการทั้งหมด 4 ชั้น ได้แก่ ชั้นหนึ่ง, ชั้นเอ็กซ์คิวทีฟ (เทียบได้กับชั้นธุรกิจ), ชั้นพรีเมียมแบบประหยัด, ชั้น J (ที่นั่งชั้นประหยัดแบบกว้างขวาง) และชั้นประหยัด ฝูงบินประกอบด้วยเครื่องบินแบบสองห้องโดยสาร สามห้องโดยสาร และสี่ห้องโดยสาร โดยศูนย์การบินหลักของ Japan Airlines นั้นตั้งอยู่ที่ท่าอากาศยานฮาเนดะ (HND) ในโตเกียว และท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะ (NRT)