วัดแห่งนี้ในอดีตเป็นวัดร้างที่ได้รับการปรับเปลี่ยนเป็นสถานที่ปฏิบัติกรรมฐานชื่อดังอันดับต้นของพระนครศรีอยุธยา โดยหลวงพ่อสุรศักดิ์ ประวัติหลวงพ่อสุรศักดิ์ เขมรังสี เจ้าอาวาสวัดมเหยงคณ์ หลวงพ่อท่านสามารถสอบได้คะแนนสูงสุดเป็นที่หนึ่งของประเทศในทางธรรม จึงได้รับความไว้วางใจแต่งตั้งให้เป็นครูสอนพระอภิธรรม ซึ่งในขณะนั้นท่านอุปสมบทได้เพียง 3 พรรษาเท่านั้น แต่ต้องเป็นทั้งครูสอน และนักเรียนศึกษาในชั้นสูงต่อไปด้วย หลวงพ่อได้พบกับพระครูธรรมสุมนต์นนฺทิโก เจ้าอาวาสวัดจากแดง สมุทรปราการ โดยได้ศึกษาหาความรู้จากครูบาอาจารย์ต่าง ๆ และค้นคว้าศึกษาในคัมภีร์ทางพระพุทธศาสนา พร้อมทั้งหาโอกาสออกไปสู่ความวิเวกตามป่าเขาลำเนาไพร ฝึกฝนปฏิบัติในพระธรรมกรรมฐานอยู่เสมอ เพื่อสั่งสมปัญญาบารมีไว้เป็นปัจจัย ในการเผยแพร่พระศาสนาสืบไป หลังจากนั้น ท่านได้เปิดสำนักปฏิบัติกรรมฐาน วัดมเหยงคณ์ ขึ้น ซึ่งแต่เดิมเป็นอาณาบริเวณของวัดที่สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 หรือเจ้าสามพระยาได้ทรงสร้างไว้ ซึ่งในปัจจุบันวัดนี้เป็นวัดร้าง ตั้งอยู่ในท้องที่ตำบลหันตรา (ทุ่งทหารกล้า) ได้มีสภาพเสื่อมโทรมลงเป็นอันมาก กรมศิลปากรได้ขึ้นบัญชีไว้เป็นโบราณสถานแห่งชาติและเป็นมรดกโลกที่ล้ำค่าอีกแห่งหนึ่ง ด้วยปณิธานอันแน่วแน่ของท่านที่มุ่งหวังจะมีส่วนช่วยในการเผยแผ่พระพุทธศาสนา ผสมผสานกับแรงศรัทธาของพุทธบริษัททั้งหลาย จึงทำให้บริเวณโดยรอบโบราณสถานวัดมเหยงคณ์ ที่เคยเป็นป่าเปลี่ยว รกร้างมานาน ได้กลับกลายเป็นสำนักปฏิบัติกรรมฐานที่สงบร่มรื่นในระยะเวลาไม่กี่ปี สถานที่สำคัญต่างๆภายในวัดอาทิเช่น - ถ้ำพระนอนหรือถ้ำพระใหญ่บริเวณด้านหน้าถ้ำเรียกอีกชื่อว่าถ้ำพยญานาค จะตั้งอยู่ด้านทิศตะวันออกของสวนป่า ใกล้กับบริเวณก่อสร้างอุโบสถหลังใหม่ สามารถเข้าไปนั่งสมาธิได้ และเค้าจะใช้สถานที่นี้สำหรับลาสิกขาของผู้บวชเนกขัมมะ ภายในวัดมีการบริหารจัดการสถานที่ได้อย่างลงตัวและมีประสิทธิภาพ พยายามปรับทัศนียภาพของสถานที่ให้เอื้อกับการปฏิบัติธรรม เช่น ลานอัมตะธรรม ร่มรื่น และเย็นสบาย ด้วยป่าปลูกนานาชนิดเพื่อจำลองป่าเสมือนจริง มีสระน้ำขนาดใหญ่ช่วยให้เย็นสบาย สงบและผ่อนคลาย ริมสระน้ำ สามารถเดินจงกรม นั่งสมาธิได้ช่วงแดดร่ม ลมตก หลังสี่โมงเย็นไปแล้ว และมีลานธรรมจักร หน้าพระใหญ่ พระพุทธรูปปางปฐมเทศนาก็ร่มรื่นไปด้วยแมกไม่นานาพันธุ์ อยู่ข้างศาลาเขมรังสีทางทิศใต้ สำหรับเดินจงกรม-นั่งสมาธิ ช่วงกลางวัน และมีการแบ่งเขตอุบาสก-อุบาสิกาอย่างชัดเจน ไม่เปิดโอกาสให้คลุกคลีกันเหมือนที่อื่น แนวทางปฏิบัติของที่นี่ได้มาตรฐาน คือทางสายกลาง (มัชฌิมา)ไม่หย่อนเกินไป ไม่เคร่งเกินไป มีเวลาให้พักผ่อนตามสมควร เหมาะสำหรับคนที่เริ่มฝึกใหม่ ต้องการสถานที่และบุคลแวดล้อมเป็นตัวกำหนด ภายในบริเวณวัดสะอาดเป็นระเบียบมาก ครับ

สงบร่มเย็นน่ามาเที่ยวถ่ายรูปเดิมเป็นวัดร้างหลัง สมัยกรุงศรีอยุธยา เป็นสถานที่ ร่มเรื่น ฝุกสมาธิปฏิบัติธรรมและถือศีล