สิ่งที่โดดเด่นอันดับต้นของวัดทุ่งเศรษฐี ก็คือ เจดีย์รัตนะ หรือ มหาเจดีย์ศรีไตรโลกธาตุ แรงบันดาลใจในการออกแบบเจดีย์นี้ก็เพื่อให้เป็นการผสมผสานระหว่างองค์เจดีย์สามโลก นั่นก็คือ เจดีย์จุฬามณีบนสวรรค์ชั้นดาวดึงส์ นครเจดีย์ในนาคพิภพ และ มหารัตนเจดีย์ศรีไตรโลกธาตุบนโลกมนุษย์ มาจากความเชื่อที่ว่าจุดนี้คือบริเวณที่เชื่อมต่อระหว่าง 3 โลก ทั้งสวรรค์ มนุษย์ และเมืองบาดาล

ผู้ที่ริเริ่มในการก่อสร้างเจดีย์รัตนะนี้ คือ หลวงตาอ๋อย หรือ หลวงตาย่ามแดง ท่านเคยบวชเป็นพระญาติโยมเรียกท่าว่าหลวงตา เมื่อสึกออกมาท่านนุ่งขาวห่มขาว สะพายย่ามสีแดง ปฏิบัติตนอยู่ในพระธรรมเหมือนเช่นสมัยที่เป็นพระ ลูกศิษย์ลูกหาก็ยังคงเรียกท่านว่าหลวงตา ด้วยย่ามสีแดงที่สะพายเป็นประจำ ในบางครั้งก็นุ่งห่มสีแดงด้วย เลยเรียกกันว่าหลวงตาย่ามแดง

ที่ดินตรงนี้ก็เป็นที่ดินของท่านเอง เนื้อที่ 5ไร่ ต่อจากนั้นเหล่าศิษยานุศิษย์ร่วมกันซื้อที่ดินขยายออกไปจนปัจจุบันมีที่ดินมากถึง73ไร่ เจดีย์จะตั้งอยู่กลางบึง มีน้ำล้อมรอบ จะมีบันไดทางขึ้นทั้งหมด 4 ด้าน ตกแต่งด้วยลวดลายของสัตว์ทั้ง 4 ตระกูล ที่เรียกว่า บันไดธาตุสี่ พร้อมผู้ดูแลครบทั้ง 4 ทิศ ภายในองค์พระเจดีย์จะเป็นโถงโล่ง ทรงระฆังคว่ำ เป็นการออกแบบที่ผสมผสานของศิลปะทั้งแบบไทย, ธิเบต, จีน และแบบฝรั่ง ภายในมหาเจดีย์ มี พระพุทธนีลวรรโณศีโลทรัพยุดม หรือ หลวงปู่ดำ ประดิษฐานอยู่ จะเป็นพระพุทธรูปเนื้อทองเหลืองผิวสีดำทรงเครื่อง ปิดทองประดับด้วยพลอยสีต่างๆ ปางสมาธิ เป็นศิลปะในแบบลพบุรี หลวงตาได้อธิษฐานอัญเชิญพระเขี้ยวแก้วซี่ล่างขวามาบรรจุไว้ในพระมหาเจดีย์องค์นี้

หลังจากสร้างมหาเจดีย์แล้ว และใต้มหาเจดีย์ จะมี ห้องปริศนาธรรมวงศ์ไวศยวรรณ เป็นห้องที่แสดงเกี่ยวกับภาพปริศนามธรรมต่างๆ บอกเล่าเกี่ยวกับวัฏจักรชีวิตของคนเรา ก็คือ การเกิด การแก่ การเจ็บ และการตาย ที่มาของชื่อว่า วัดทุ่งเศรษฐี มาจาก คำว่าเศรษฐีนั้นเป็นคำสันสกฤต ถ้าอ่านอย่างบาลี ต้องเขียนว่า เสฏฐี แปลว่าผู้ประเสริฐ ครับ