วัดนี้ถูกกำหนดให้เป็นพระอารามหลวงตั้งอยู่ในเขตตัวเมืองแม่ฮ่องสอน ใกล้กันกับสวนสาธารณะหนองจองคำ นักท่องเที่ยวส่วนใหญ่จะต้องแวะเที่ยวชมความงดงามที่แปลกตา ด้วยสิ่งปลูกสร้างต่างๆภายในวัดล้วนได้รับอิทธิพลมาจากศิลปกรรมและจิตรกรรมแบบไทยใหญ่ โดยวัดนี้จะมี วัดติดกันอยู่อีกแห่ง ชื่อว่าวัดจองกลาง ซึ่งอยู่ในอาณาบริเวณติดกันจนแยกไม่ออกว่านี่คือวัดจำนวน 2แห่ง คือวัดจองคำและวัดจองกลาง เปรียบเสมือนวัดแฝด ด้วยตั้งอยู่ในกำแพงเดียวกัน จุดสังเกตุถ้าท่านอยากทราบว่าวัดใดอยู่ตรงไหนคือ เมื่อมองจากด้านหน้าบริเวณสวนสาธารณะหนองจองคำจะสังเกตุได้ง่าย วัดจองคำ จะอยู่ด้านซ้ายมือ ส่วนวัดจองกลางจะอยู่ทาง ขวามือ ที่มาของชื่อวัดจองคำ มาจากมูลเหตุจาก เสาที่อยู่ภายในวัดนี้ถูกประดับด้วยทองคำเปลว จึงเป็นที่มาของชื่อวัด

วัดนี้ยังเป็นศูนย์กลางของกิจกรรมทางวัฒนธรรมทางศาสนาและประเพณีสำคัญต่างๆของชาวแม่ฮ่องสอน ก็จะจัดขึ้นที่นี่เป็นหลักด้วยสิ่งที่น่าสนใจภายในวัด

เจดีย์วัดจองคำที่ชาวไทใหญ่เรียกกันว่า "กองมู" โดยเจดีย์จะมีลักษณะรูปทรงจุฬามณี ภายในองค์พระเจดีย์ได้บรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้ สร้างโดยช่างฝีมือชาวไทใหญ่

พระอุโบสถรูปทรงแปลกตามีลักษณะเป็นอาคารรูปทรงมณฑป รูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าที่ส่วนหลังคาจะมีพระเจดีย์ 5 ยอด โดยภายในพระอุโบสถจะมีการเขียนภาพพุทธประวัติบนฝาผนัง บานประตู หน้าต่างทำด้วยไม้แกะสลักสวยงามแปลกตา

วิหารหลวงพ่อโตภายในเป็นที่ประดิษฐานพระประธาน คือ "หลวงพ่อโต" สร้าง โดยช่างชาวพม่าเป็นพระพุทธรูปขนาดใหญ่ จำลองมาจากพระศรีศากยมุนี (หลวงพ่อโต) ที่วัดสุทัศน์เทพวราราม โดยที่วิหารแห่งนี้จะมีลักษณะทางสถาปัตยกรรมแบบไทใหญ่ผสมฝรั่ง อาคารมีผังเป็นรูปตัวแอล ผนังก่ออิฐถือปูน, ประตู, หน้าต่างตอนบนโค้ง ประดับลวดลายแบบสถาปัตยกรรมตะวันตก, หลังคามุงสังกะสี ,เชิงชายมีลูกไม้ฉลุแบบขนมปังขิง ซึ่งจัดเป็นการผสมผสานของงานศิลป์ทางปฏิมากรรมที่แตกต่างมีความงดงามอย่างน่าอัศจรรย์ครับ