หมู่บ้านญี่ปุ่นจะตั้งอยู่บริเวณรอบนอกของเมือง ที่จอดรถค่อนข้างน้อย หากวันไหนมีทัวร์มาลงอาจจะต้องจอดรถไว้ริมถนน ค่าเข้าชมคนละ50บาท แต่ถ้าเป็นนักเรียนหรือนักศึกษาสามารถยื่นบัตรเพื่อลดราคา ภายในมีส่วนของอาคาร1และอาคาร2 อาคารที่อยู่ใกล้ทางเข้าจะมีห้องฉายเกี่ยวกับการค้าขายของอยุธยาและที่ตั้งของหมู่บ้านญี่ปุ่น. นอกจากนี้ยังมีส่วนของการแสดงสินค้านำเข้าและส่งออกในสมัยนั้นฯลฯ ส่วนอาคารริมน้ำจะแสดงเกี่ยวกับท่านยามาดะ นางามาซะหรือท่านออกญาเสนาพิมุข และเรื่องราวของท้าวทองกีบมา ภายในบริเวณหมู่บ้านญี่ปุ่นจะมีการจัดสวนในรูปแบบต่างๆ ชมวิวริมแม่น้ำ ซึ่งฝั่งตรงข้ามจะเป็นหมู่บ้านโปรตุเกส

หมู่บ้านญี่ปุ่นตั้งอยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา โซนแถวนี้มีร้านอาหารริมน้ำเยอะมากๆ เลย ด้านนอกจัดเป็นสวนญี่ปุ่นมีเจดีย์เหลี่ยมแบบหลายชั้น ด้านในแสดงข้าวของเครื่องใช้โบราณ